O clube genuinamente juizforano teve sua fundação há 97 anos, em 26 de maio de 1912. É, atualmente, o único time na cidade que mantém o futebol profissional em atividade. Nessa longa trajetória de glórias, destaca-se o grande time do Tupi FC de 1966, um dos melhores times de Juiz de Fora de todos os tempos, que ficou conhecido como o “Fantasma do Mineirão”.

No final do ano de 1965, quando o Cruzeiro conquistou o título de Campeão Mineiro, o Tupi passava por um momento menos fortalecido, ficando em último lugar no Campeonato de Juiz de Fora. Então, após uma renovação do time, em janeiro de 1966, o Tupi convidou o Cruzeiro para um jogo na cidade e venceu por 3 x 2, derrotando a famosa equipe de Tostão, Dirceu, Zé Carlos, Piazza, Natal e outros craques. Como um time de Juiz de Fora poderia vencer o grande Cruzeiro? Belo Horizonte não poderia engolir esta afronta. Por isso, o Tupi foi convidado a jogar com o Atlético, no Mineirão. Resultado do desafio: o Tupi derrotou o clube por 2 x 1, que era dirigido por Paulo Amaral. Um novo desafio foi levantado pelo América Mineiro, dirigido por Yustrick, já que o Tupi estava desmoralizando os times de Belo Horizonte. Mais uma vitória do Tupi por 2 x 1 foi o resultado. Quem imaginaria o Tupi derrotar os três times da capital? Isso não poderia ficar assim, então o Cruzeiro pediu uma revanche do jogo realizado em Juiz de Fora, alegando que no Mineirão ia “arrasar” o Tupi e acabar com a brincadeira. Nova vitória do Tupi por 2 x 1 fez todo o Brasil falar naquela equipe, que foi convidada para treinar contra a Seleção Brasileira de Pelé e Garrincha em Caxambu, quando empatou em 1 x 1. O técnico do Tupi era Geraldo Magela Tavares, e a escalação do time base responsável por essas grandes vitórias era a seguinte: Waldir (Hélio); Manoel, Murilo, Dário (Eli Flores) e Walter; França e Mauro; João Pires, Toledo, Vicente e Eurico.

Com seus altos e baixos, o Tupi FC continua firme na sua luta para continuar com o futebol profissional, representando Juiz de Fora. O clube obteve uma ótima participação no Campeonato Mineiro da 1ª divisão nos anos de 85 e 87, quando participou do quadrangular final nos dois anos e conquistou o título de Campeão Mineiro do Interior. Nessa época o Presidente do Tupi era o empresário Maurício Baptista de Oliveira, que investiu forte no sucesso do futebol do clube. Após um período não tão glorioso na década de 90, o Tupi se reergueu a elite do futebol mineiro em 2001. Em 2003, o conhecido Carijó alcançou uma notável posição: foi novamente Campeão do Interior, chegando a terceiro lugar no Campeonato Mineiro, e pela primeira vez conseguiu uma vaga para disputar a Copa do Brasil em 2004. A nova ascensão do time dentro do futebol mineiro se deu em 2006, quando obteve a quarta colocação no Campeonato Mineiro de 2007.

Em 2008, o futebol voltou a ser administrado pelo próprio clube, com a eleição do Dr. Àureo Carneiro Fortuna e do Dr. José Roberto Maranhas, para Presidente e Vice-Presidente, respectivamente. Dando continuidade ao trabalho realizado em 2007, juntamente ao apoio de parceiros – MRS Logística, Unimed de Juiz de Fora, Supermercado Bahamas, CJF, Carioca Esportes, Ritz Hotel, Higéia Academia, Frotanobre Turismo, Sudeste Veículos, além da Prefeitura de Juiz de Fora – que acreditaram no forte trabalho da nova diretoria, o Tupi fez um ótimo Campeonato Mineiro, classificando-se em segundo lugar para o quadrangular final e terminando em terceiro lugar geral atrás apenas de Cruzeiro e Atlético. Além dessa vitória, foi campeão da Taça Minas Gerais garantindo, assim, mais uma participação na Copa do Brasil e na recém criada série “D” de 2009.

O ano de 2009 foi marcado pela presença do experiente técnico Leonardo Condé no Tupi, que continuará no comando da equipe no Campeonato Mineiro de 2010. Além de jogar no Campeonato Mineiro 09 e Taça Minas Gerais, o trabalho do Carijó rendeu a participação na Copa do Brasil. Para o novo ano, com a equipe renovada, o Tupi pretende bons resultados nas competições.